Fate/Grand Order menggunakan sistem pertarungan yang disebut Command Card Battle, yang cocok untuk smartphone.
Pemain dapat membentuk tim yang terdiri dari tiga Servant utama dan tiga Servant cadangan, serta memilih satu Servant dari pemain lain sebagai bantuan.
Pemain juga dapat memilih Craft Essence, yaitu kartu yang memberikan efek tambahan kepada Servant.
Pertarungan berlangsung secara bergiliran, di mana pemain dapat memilih lima kartu dari sepuluh kartu yang tersedia, yang mewakili serangan Servant.
Pemain dapat mengkombinasikan kartu dengan berbagai cara, untuk menghasilkan efek yang berbeda, seperti kritikal, ekstra, atau brave chain.
Pemain juga dapat menggunakan skill Servant, Noble Phantasm, atau Command Spell, untuk memberikan keuntungan dalam pertarungan.
Pertarungan berakhir jika semua Servant pemain atau musuh mati, atau jika ada kondisi khusus yang terpenuhi.
Pemain akan mendapatkan hadiah berupa uang, item, pengalaman, dan poin bond, tergantung pada kinerja mereka dalam pertarungan.
Pemain juga dapat mengulangi pertarungan yang sudah diselesaikan, untuk mendapatkan hadiah tambahan atau menyelesaikan misi tertentu.
