Candi Merak juga menyimpan berbagai misteri yang belum terpecahkan. Salah satunya adalah tentang kemuncak candi yang belum ditemukan hingga kini.
Padahal, pemugaran candi sudah dilakukan sejak tahun 1925/1926 oleh Dinas Purbakala dan selesai pada tahun 2011 dengan pemasangan batu sungkup atap.
Namun, bagian puncak candi masih belum diketahui bentuk dan keberadaannya.
Selain itu, candi Merak juga dikaitkan dengan mitos tentang Nyi Roro Kidul, ratu laut selatan yang dipercaya sebagai istri dari raja-raja Mataram.
Konon, candi Merak merupakan salah satu tempat persembahyangan Nyi Roro Kidul dan juga tempat penyimpanan pusaka-pusaka kerajaan.
