Mahito dan Heron menjadi sahabat karib, dan bersama-sama mereka menghadapi berbagai tantangan dan bahaya yang mengancam dunia fantasi mereka.
Namun, mereka juga harus menghadapi kenyataan bahwa dunia nyata tidak selalu seindah dunia fantasi, dan bahwa mereka tidak bisa selamanya bersama.
Mahito harus memilih antara tetap tinggal di dunia fantasi dengan Heron, atau kembali ke dunia nyata dan melanjutkan hidupnya.
The Boy and the Heron adalah film yang sangat personal bagi Hayao Miyazaki, yang mengambil inspirasi dari kisah hidupnya sendiri.
Film ini merefleksikan pengalaman Miyazaki saat kecil, yang juga harus mengungsi ke pedesaan karena perang, dan memiliki hubungan dekat dengan ibunya, yang menderita penyakit paru-paru.
Film ini juga mengeksplorasi tema-tema seperti kehidupan, kematian, dan penciptaan, sebagai penghormatan bagi persahabatan, yang menjadi hal yang sangat berharga bagi Miyazaki.