Nick Fury harus menghadapi masalah baru tanpa bantuan anggota Avengers lain. Skrull menggunakan kemampuan mereka untuk menguasai bumi dengan menipu manusia.
Masalah muncul ketika beberapa ekstrimis bangsa Skrull yang dipimpin Gravik (Kingsley Ben-Adir) membuat gerakan untuk mengubah status quo yang ada saat ini.
Gravik berencana melakukan invasi secara diam-diam untuk merebut sumber daya Bumi. Nick Fury mengalami kesulitan saat menangkap Skrull dengan kemampuan mereka untuk menyamar.
Akhirnya Nick Fury dibantu beberapa rekannya berupaya mencegah hal tersebut bisa terjadi.
Salah satunya, Talos (Ben Mendelsohn), pimpinan bangsa Skrull di Bumi yang sudah menjadi sekutunya sejak puluhan tahun lalu.