Namun, sikap kritis Joko Pekik membuatnya harus mengalami masa-masa sulit.
Ia pernah ditangkap dan ditahan oleh rezim Orde Baru pada tahun 1974 karena diduga terlibat dalam gerakan mahasiswa yang menentang pemerintah.
Ia juga pernah dikucilkan oleh masyarakat karena statusnya sebagai mantan tahanan politik.
Meski demikian, Joko Pekik tetap tegar dan berkarya. Ia tidak pernah menyerah atau menyesuaikan diri dengan keadaan.
Ia tetap mempertahankan idealisme dan integritasnya sebagai pelukis.
Ia juga tetap mendapatkan penghargaan dan pengakuan dari dunia seni rupa.
