Di pulau itu, mereka bertemu dengan seorang gadis yatim piatu bernama Yūko, yang tinggal bersama kakeknya, seorang nelayan tua yang percaya pada legenda Godzilla, seekor monster laut raksasa yang akan datang untuk menghukum manusia.
Beberapa tahun kemudian, Jepang berada dalam kondisi sulit karena harus membayar ganti rugi perang kepada Sekutu dan menghadapi masalah sosial dan ekonomi.
Kōichi, yang sekarang menjadi seorang wartawan, menemukan bahwa pemerintah Jepang sedang melakukan penelitian rahasia tentang senjata nuklir, dengan bantuan dari seorang ilmuwan Amerika, Dr. Serizawa.
Sementara itu, Sōsaku, yang sekarang menjadi seorang insinyur, bekerja untuk sebuah perusahaan konstruksi yang membangun menara radio raksasa di Tokyo.
Yūko, yang sekarang menjadi seorang perawat, terlibat dalam gerakan anti-perang yang dipimpin oleh seorang aktivis bernama Akira.
Ketiganya tidak menyadari bahwa nasib mereka akan terkait kembali oleh kemunculan Godzilla, yang terbangun dari tidurnya oleh ledakan nuklir yang tidak disengaja di Samudra Pasifik.
Godzilla Minus One adalah film yang menggambarkan Jepang pasca-perang dengan cara yang realistis dan emosional, sekaligus memberikan penghormatan kepada film Godzilla asli tahun 1954 dan film Godzilla, Mothra and King Ghidorah: Giant Monsters All-Out Attack tahun 2001.
