Para ahli juga meragukan keaslian dan keotentikan naskah tersebut, karena tidak ada bukti sejarah atau arkeologis yang mendukung klaim-klaimnya.
Namun, beberapa kelompok Kristen minoritas, seperti Gereja Ortodoks Ethiopia dan Gereja Ortodoks Koptik, mengakui Injil Barnabas sebagai bagian dari kitab suci mereka.
Mereka percaya bahwa Injil Barnabas adalah sumber informasi yang lebih akurat dan lebih tua daripada Injil kanonik.
Sementara itu, sebagian umat Islam juga menganggap Injil Barnabas sebagai bukti bahwa ajaran Islam adalah ajaran asli yang dibawa oleh Yesus.
Mereka berpendapat bahwa Injil Barnabas adalah salah satu dari kitab-kitab suci sebelumnya yang disebutkan dalam Al-Quran sebagai kitab-kitab yang diturunkan Allah kepada para nabi sebelum Muhammad.
Injil Barnabas masih menjadi bahan perdebatan dan penelitian di antara para sejarawan, teolog, dan agamawan.
Apakah naskah tersebut benar-benar berasal dari abad kelima Masehi atau lebih muda?
Apakah naskah tersebut mencerminkan ajaran Yesus yang sebenarnya atau hanya merupakan hasil rekayasa?
