Game ini memiliki dua mode utama, yaitu Build Mode dan Play Mode. Di Build Mode, pemain dapat membuat lintasan dan labirin untuk bola kelereng dengan menggunakan berbagai jenis bata yang tersedia.
Pemain dapat memilih bentuk, warna, ukuran, dan sudut bata sesuai dengan keinginan mereka. Pemain juga dapat menambahkan efek khusus, seperti gravitasi, magnet, atau ledakan.
Di Play Mode, pemain dapat menikmati hasil karya mereka atau karya orang lain. Pemain dapat melihat bola kelereng berjalan di lintasan yang telah dibuat dengan sudut pandang yang berbeda-beda.
Pemain juga dapat berinteraksi dengan bola kelereng dengan menggoyangkannya, memutarinya, atau melemparkannya.
Salah satu fitur menarik dari Marble Run adalah kolaborasi antara pemain. Setiap lintasan yang dibuat oleh pemain akan ditambahkan ke lintasan global yang terus bertambah panjangnya.
