Dalam cerita ini, Mahesa Jenar adalah seorang murid dari Syeh Siti Jenar, seorang ulama yang memiliki ajaran yang kontroversial.
Mahesa Jenar juga adalah seorang mantan perwira tinggi kerajaan Demak, yang meninggalkan jabatannya karena tidak setuju dengan kebijakan raja.
Mahesa Jenar mencari keris Naga Sasra Sabuk Inten, yang diyakini sebagai pusaka peninggalan Raja Majapahit dan simbol pewaris sah tahta kerajaan Demak.
Mahesa Jenar berpetualang ke berbagai tempat, seperti Majapahit, Bali, dan Sunda, untuk mencari jejak keris tersebut.
Dalam perjalanannya, ia bertemu dengan berbagai tokoh, seperti Gajah Mada, Hayam Wuruk, Damar Wulan, Ken Dedes, dan lain-lain. Ia juga menghadapi berbagai musuh, seperti Patih Gajah Mungkur, Ki Ageng Sela, dan Ki Ageng Pengging.
Akhirnya, ia berhasil menemukan keris Naga Sasra Sabuk Inten, yang ternyata berada di tangan Raden Patah, raja Demak yang merupakan anak kandung Brawijaya V.
Mahesa Jenar kemudian menyerahkan keris tersebut kepada Raden Patah, dan mengakui bahwa ia adalah pewaris sah tahta Majapahit dan Demak.