Meski sempat hanya berhasil meraih medali perunggu dan perak di SEA Games 2013 di Naypyidaw (Myanmar) dan SEA Games 2015 di Singapura, Agus Prayogo berhasil kembali meraih medali emas di nomor 10.000 meter di SEA Games 2017 di Kuala Lumpur. Pada ajang tersebut, ia juga turut berkompetisi dalam nomor maraton dan berhasil meraih medali perak.
Pada SEA Games 2019 di Manila, Agus berhasil menjadi yang terbaik dalam nomor maraton, namun ia gagal mempertahankan gelar tersebut di SEA Games 2021 di Hanoi.
