Untuk masuk ke kawasan Pulau Pombo tidak dikenakan biaya tiket masuk alias gratis. Namun demikian, wisatawan harus membayar biaya transportasi untuk menuju ke sana. Berikut adalah perkiraan biaya transportasi menuju Pulau Pombo:
• Taksi atau ojek Bandara Pattimura-Pelabuhan Tulehu: sekitar Rp 100.000
• Kapal cepat Pelabuhan Tulehu-Pelabuhan Amahai PP: sekitar Rp 200.000
• Angkutan umum atau ojek Pelabuhan Amahai-Desa Waai PP: sekitar Rp 50.000
• Perahu nelayan Desa Waai-Pulau Pombo PP: sekitar Rp 100.000
Pulau Pombo buka setiap hari selama 24 jam. Namun demikian, wisatawan disarankan untuk mengunjungi Pulau Pombo pada pagi atau sore hari untuk mendapatkan pemandangan alam yang lebih indah.
Untuk menginap di sekitar Pulau Pombo, wisatawan bisa memilih beberapa pilihan penginapan sebagai berikut:
• Camping: Camping adalah penginapan paling murah dan menyenangkan bagi wisatawan yang ingin merasakan suasana alam secara langsung. Wisatawan bisa membawa tenda sendiri atau menyewanya dari penduduk setempat dengan harga sekitar Rp 50.000 per malam.
• Homestay: Homestay adalah penginapan alternatif bagi wisatawan yang ingin merasakan suasana lokal dan hemat biaya. Homestay ini berupa rumah-rumah penduduk setempat yang disewakan kepada wisatawan dengan fasilitas standar seperti kamar tidur fan atau AC, kamar mandi luar dengan air dingin atau panas (tergantung homestay), serta sarapan pagi. Homestay ini tersebar di Desa Waai dengan jarak sekitar 1 jam perjalanan perahu dari pulau. Harga sewa homestay ini mulai dari Rp 100.000 hingga Rp 300.000 per malam.