Beberapa praktik yang dianggap tidak biasa, seperti penempatan saf shalat Idul Fitri yang bercampur antara laki-laki dan perempuan, telah memunculkan perdebatan di masyarakat.
Pemerintah akan memberlakukan sanksi administrasi dan pidana terhadap Ponpes Al Zaytun sebagai respons terhadap kontroversi tersebut.
Selain itu, Panji Gumilang, Pimpinan Ponpes Al Zaytun, juga dikaitkan dengan gerakan Negara Islam Indonesia Komandemen Wilayah 9 (NII KW 9).
Meski laporan mengenai kelompok ini sudah diajukan beberapa kali, sulit untuk membuktikan keberadaan NII KW 9 karena mereka bergerak secara rahasia.
Pemerintah saat ini sedang melakukan investigasi terhadap Panji Gumilang dan Ponpes Al Zaytun secara menyeluruh.
