Program ini diperkenalkan oleh Presiden Jokowi melalui penerbitan Peraturan Presiden (Perpres) Nomor 39 Tahun 2019 tentang Satu Data Indonesia pada tanggal 12 Juni 2019.
Perpres tersebut menjelaskan bahwa Satu Data Indonesia merupakan kebijakan pengelolaan data pemerintah yang bertujuan menghasilkan data yang akurat, terkini, terpadu, dapat dipertanggungjawabkan, mudah diakses, dan dapat dibagikan antar Instansi Pusat dan Instansi Daerah melalui pemenuhan Standar Data, Metadata, Interoperabilitas Data, serta menggunakan Kode Referensi dan Data Induk.
Pada tanggal 23 Desember 2022, pemerintah secara resmi merilis portal Satu Data Indonesia yang dapat diakses melalui laman data.go.id.
Optimasi Satu Data Indonesia menjadi salah satu fokus visi-misi dari pasangan calon presiden dan calon wakil presiden, Ganjar-Mahfud MD. Ganjar menyatakan keinginan untuk memaksimalkan pemanfaatan Satu Data Indonesia dalam mengembangkan birokrasi berbasis digital dan memajukan potensi ekonomi digital di Indonesia.