Hal ini menimbulkan kemarahan dan penolakan di kalangan penduduk Sudan Selatan yang mayoritas non-Muslim.
Pada tahun yang sama, terbentuk gerakan pemberontak baru di Sudan Selatan yang disebut Tentara Pembebasan Rakyat Sudan (SPLA) yang dipimpin oleh John Garang.
SPLA berjuang untuk mengakhiri dominasi Sudan Utara dan menciptakan negara sekuler dan demokratis di seluruh Sudan.
Pemberontakan SPLA memicu perang saudara kedua antara pemerintah Sudan Utara dan gerakan pemberontak Sudan Selatan.
Perang saudara ini berlangsung hingga tahun 2005, ketika ditandatanganinya Perjanjian Damai Komprehensif (CPA) yang mengakhiri pertempuran dan memberikan hak referendum kepada Sudan Selatan untuk memilih antara tetap bersatu atau merdeka.
Pada tahun 2011, hasil referendum menunjukkan bahwa sekitar 99% penduduk Sudan Selatan memilih untuk merdeka dari Sudan Utara.
Pada tanggal 9 Juli 2011, Republik Sudan Selatan secara resmi menjadi negara berdaulat.
Namun, pemisahan negara tidak menyelesaikan semua masalah konflik di Sudan.
Masih ada sengketa perbatasan, pembagian sumber daya alam seperti minyak bumi, hak-hak warga negara lintas batas, dan kekerasan internal di kedua negara.
Di Sudan Utara atau Republik Sudan, terjadi konflik antara pemerintah pusat yang dipimpin oleh Presiden Omar al-Bashir dan kelompok-kelompok pemberontak di wilayah-wilayah pinggiran seperti Darfur, Kordofan Selatan, dan Nil Biru.
Konflik ini melibatkan isu-isu seperti marginalisasi politik dan ekonomi, diskriminasi etnis dan agama, hak asasi manusia, dan intervensi asing.
Di Darfur, konflik dimulai pada tahun 2003, ketika kelompok-kelompok pemberontak seperti Gerakan Keadilan dan Kesetaraan (JEM) dan Gerakan Pembebasan Sudan (SLM) menyerang pos-pos militer dan polisi Sudan.
